航空燃油系統或者飛機是否受到微生物的污染，最有效的鑒定方法當然是通過燃油箱的直觀檢查。然而，在一般情況下，直觀檢查是不可能做到的，至少是不方便的。這時，對燃油或水樣的采樣檢驗卻提供了一個直觀檢查的補充方法。

    在通常情況下，采樣將由受過訓練的微生物工作者來進行，使用清潔的消過毒的取樣器。取樣后，將它帶回實驗室，立即進行檢驗。必須記住的是，需要嚴格的無菌操作技術，不間斷的持續采樣以及熟練的操作技巧。偶爾，對樣品的正確性發生懷疑時，就需要對燃油箱進行直觀檢查。盡管地面上燃油處理裝置的形狀和大小各不一樣，從幾千加侖直到幾百萬加侖，管道也走向各異，但是，在任何情況下都可以采到所需要的樣品。或者使用“芯突采樣器”自頂端量油口采樣。正確的水樣不是在排水管，而是靠表面張力吸附在容器表面的水。但這種樣品只能在燃油儲存容器的內部才能獲得。假如取自排水管的水，當出現任何塊狀跡象時，就需要用顯微鏡來檢查，以確定這種塊狀物是否是微生物或其它物質。

    燃油樣品的采集必須用干凈、滅菌的玻璃瓶，其樣品不包含游離水，因為這種游離水存在在采樣和試驗的一段長時間內會導致微生物群體的增加。假如檢查燃油中的細菌，則必須抓緊時間，最好當天檢查，因為假如是厭氧菌的話，一些營養細胞容易死亡。取樣時寧可舍棄一些燃油；也要盡可能地包含些固體物質（因固體物質中的菌密度比較高）。

微生物檢查過程如下：

1．將一接種環固形物放在干凈的顯微鏡載玻片上。

2．將載玻片置文火上加熱干燥。

3．樣品用幾滴石油醚洗滌，以去掉多余的燃油殘留物。

4．載玻片再置文火上加熱，以去掉多余的石油醚。

5．樣品用乳酸酚蘭或乳酸品紅染色。

6．置顯微鏡下觀察。

有時很難從采集到的樣品直接檢查，這時，必須先在瓊脂培養基上增殖培養，以獲得非染色的，適當分離的菌落供鑒定用。

由于各種微生物的營養要求不一樣，檢驗航空燃油中的微生物可以采用下述成分的培養基，即分離霉菌和酵母菌，使用土豆瓊脂培養基或麥芽汁瓊脂培養基。

分離好氣性細菌，使用牛肉膏蛋白胨瓊脂培養基或胰化胨血瓊脂培養基。分離厭氧細菌時，還得使用除氧封存技術。分離方法采用劃線法或稀釋法。培養溫度，30℃左右。一般來說，細菌和酵母菌的菌落培養2 天后即全部長好，而霉菌的菌落則需要4-5 天才能長成。假如污染嚴重，一時不能取得純種時，則需要再用上述方法分離培養，以獲得純種。

污染程度一般以每升燃油的活菌數來表示之，例如：2×10⁸ 個/L，即表示每升燃油活菌數為2×10⁸ 個。亦可以用每毫升燃油或沉淀水的活菌數表示之，例如：2×10⁵ 個/ml，即表示每毫升燃油或沉淀水的活菌數為2×10⁵ 個。

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