1、使用目的有差別：防腐劑用來防蟲，延長木材使用壽命，比如戶外景觀木等需使用。而防霉劑一般使用在比較容易變色或發霉的木材中，比如剛砍伐的新鮮木材，沒有條件及時烘干的木材木板，長期處在濕熱環境的木包裝木托盤集裝箱底板等等，尤其在出口木產品中應用比較多，例如木門，木家具等等。
    2、使用量不同：防腐劑會注入到木材每一個細胞組織中，在處理的過程中，整個木材內部都注滿了防腐劑溶液，所以用量非常之大。而防霉劑配成0.5%-4%溶液后僅僅使得木材表面幾微米的滲透深度。（變色真菌和霉菌大都只是在木材表面做文章，尤其是霉菌不會滲透到木材內部，典型的針對木頭的霉菌為木霉屬、膠霉屬、青霉胺類等往往制造綠色孢子，還有鏈格菌、黑曲霉類往往制造暗棕色至黑色孢子。由霉菌引起的主要問題是非常難看的木頭外觀以及由于高度滲透而進而引起的木制腐爛。）
    3、處理方法：防霉劑對木材只是表面處理，或采用浸泡，或采用涂刷，或采用噴灑，不用高壓真空處理容器。
    4、使用效果差異：防腐劑主要針對導致木材腐爛的細菌以及害蟲類，而防霉劑針對更難殺死的各類真菌，包括變色真菌、霉菌、腐爛真菌等一些列防腐劑無法控制的微生物。
    5、價格不一樣，防霉劑一般是防腐劑幾倍的價格。
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